Trong trận đấu vòng bảng giữa Singapore và Malaysia tại sân vận động Quốc gia Singapore, một số cổ động viên Singapore giận dữ đã ném chai nước và cuộn giấy vệ sinh vào sân và cửa hầm ở cuối trận đấu do cổ động viên nước này phản đối trọng tài Ahmed Al-Kaf khi cho Malaysia được hưởng quả phạt đền.

Trong trận đấu bán kết lượt đi giữa Malaysia và Việt Nam tại sân vận động Shah Alam, sự cố đã xảy ra khi một số cổ động viên Malaysia quá khích tràn qua khán đài để hành hung cổ động viên Việt Nam, trong đó có các cổ động viên nữ. Kết quả là một số cổ động viên Việt Nam bị chảy máu đầu[12]. Sự việc diễn ra quá nhanh khiến cảnh sát Hoàng gia Malaysia không kịp phản ứng. Tiền vệ Phạm Thành Lương đã bất chấp nguy hiểm ném cuộn băng gạc lên khán đài để giúp cổ động viên Việt Nam cầm máu.[13] Sau trận bán kết lượt đi AFF Cup 2014, hacker đã tấn công và làm sập trang thông tin điện tử của Hiệp hội bóng đá Malaysia (FAM) cũng như Liên đoàn bóng đá Việt Nam (VFF).[14] Sau đó, Bộ trưởng thể thao Malaysia Khairy Jamaluddin chính thức gửi lời xin lỗi đến cổ động viên Việt Nam vì đã để xảy ra bạo loạn.[15][16][17]

Sau thất bại bất ngờ 2–4 của đội tuyển Việt Nam trước Malaysia ở sân vận động quốc gia Mỹ Đình, chủ tịch Liên đoàn Bóng đá Việt Nam (VFF) Lê Hùng Dũng ngày 12 tháng 12 bày tỏ với giới truyền thông về sự nghi ngờ của ông là có thể có ai bán độ và đề nghị công an điều tra về việc này. Tuy nhiên lãnh đạo Tổng cục Cảnh sát Phòng chống Tội phạm vào ngày 26 tháng 12 đã tuyên bố đình chỉ cuộc điều tra vì không thấy có dấu hiệu vi phạm nào cả.[18]